在注重体育教学和运动员培养的同时，体育系也在科学研究上不断探索。2002年1月经校部批准，正式成立了体育经济理论研究所， 王跃教授任体育经济理论研究所所长，耿元元副教授任副所长。并设立体育人文社会学硕士点，旨在为政府体育管理部门、高等院校、体育科研机构、俱乐部、体育产业以及其它相关产业的管理机构培养高层次的研究分析、政策咨询、经营管理及教学科研人才，研究所以体育经济和体育产业经营与管理为主要研究方向。作为国际贸易运动员班和体育人文社会学硕士点的研究支撑和实践基地，研究所全体成员坚持“实事求是”和“积极创新”的原则，在体育经济、体育产业经营等方面取得了许多值得肯定的研究成果。编写和出版了体育经济与产业系列研究生教材，并承担了多项课题研究，如：《上海市学校体育设施标准体系研究》、《大型体育赛事经济效益评估体系的构建》、《加快体育社团实体化》、《奥运推动体育科技产业发展新木桶理论模型研究》等。