为了推动体育理论创新和体育科学的发展，在继续探索学校体育工作理论实践研究的前提下，体育系于2000年6月建立了体育理论研究室，2002年1月经校部批准，正式成立了体育经济理论研究所。2002年起，体育系开始分工精细化，完善了行政机制，组织了专职的班导师、教练员队伍，并有专门的科研和后勤部门。为培养高层次体育人才，经批准，体育系于2003年设立了体育人文社会学硕士点，并由2004年开始正式招生。目前，体育系共有工作人员80余人，其中教师65人，包括2名教授、15名副教授。共设四个教研室：公共体育教研室、研究生体育教研室、竞赛与训练教研室、国贸教研室。此外，还设有一个体育人文社会学硕士点。由体育系后勤部门负责场馆的使用，承办过多次大型比赛，如第十三届世界大学生乒乓球锦标赛、第七届全国大学生运动会、第一届“校长杯”乒乓球赛等。

        华东理工大学体育科学与工程学院教学成绩斐然。体育系从1984年开始贯彻执行学校体育工作条例，当时的基础教学内容主要为田径项目及篮、排球。1989年，我校体育系为推进终身体育教育，率先提出“大学体育四年不断线”的理念，成立了基础教研室和专项教研室，在全国率先实行体育课选课制，实行多课程、多时段、实践与理论并重立体式教学模式。体育课程内容也由较为单一的田径项目增设至20多个项目，包括田径、篮球、排球、网球、足球、乒乓球、羽毛球、武术、女子健美操、女子艺术体操、男子棒球、女子垒球、游泳、太极拳、健美、拳击、轮滑等。体育系多次被评为国家及上海市体育教育工作优秀单位。在1996年的京津沪高校体育教学评估中，体育系以满分被评为国家体育教学优秀单位，历年都被评为贯彻国家体育教学工作优秀单位。

        华东理工大学体育科学与工程学院在高水平运动队建设方面特色鲜明，形成了以乒乓球为特色的运动队建设体系，目前拥有教育部批准的乒乓球、篮球、田径、网球、武术、射击等6个高水平运动队。体育系在80年代中期就形成了以乒乓球为特色的运动队建设，在1990年国家成立中国大学生体育协会时，我校被确立为中国大学生体育协会的分会——乒乓球协会会址单位，同时，我校还被确立为中国大学生体育协会副主席单位和上海大学生体育协会主席单位。1992年我校首次组队代表中国大学生参加在法国里昂举办的第九届大学生乒乓球锦标赛，女队获得多项冠军。此后，均由我校组队代表中国大学生参加两年一届的世界大学生乒乓球锦标赛，并获得各个项目的世界冠军。2000年，第十三届世界大学生乒乓球锦标赛在我校举行，是中国独立承办世界大学生乒乓球锦标赛，我校乒乓球队代表中国大学生获得了除男团外的其余六枚金牌，在2004年的第十五届世界大学生乒乓球锦标赛中，获得五枚金牌。在1997年国际乒联恢复中国乒乓球超级联赛时，我校女队作为大学生代表队首次参加了中国乒乓球超级联赛，并作为唯一的一支业余球队取得了女团第六名的优异成绩。在此过程中，我校乒乓球队也培养了一大批优秀运动员。如帖雅娜、高军、张瑞、乔云萍、邬娜等世界名将，以及余静薇、焦永利、田芳、崔晨梅等国内知名运动员。2006年，我校乒乓球俱乐部两支女队双双冲进2007年中国乒乓球超级联赛，创造了乒超史上的奇迹。

        近几年来，我校篮球队也取得了较为优异的成绩，从1996年开始，我校篮球队、武术队、田径队、网球队、射击队等也分别在国内重大比赛中获得较好成绩。1999年起，所有体育系的高水平运动员进入商学院国际贸易专业学习，并于2000年开始为高水平运动员学生制定    专门的班级编制，由体育系进行统一安排和管理。